1.协商主体不同
政党协商是执政党与参政党之间直接进行的协商，参与的主体是双方最高层领导人，中共中央是总书记和其他政治局常委，会议由中共中央总书记主持;民主党派是中央主席、常务副主席和有关副主席;同时，无党派人士作为我国政治生活中的一支重要力量、工商联作为具有统战性的人民团体和商会组织，无党派人士代表和全国工商联主要负责同志也参加政党协商。
政协协商的参加主体是人民政协各组成界别，全国政协有34个界别，涵盖中国共产党、8个民主党派、无党派人士、各主要人民团体、56个民族、5大宗教及各界代表人士，在协商中或以界别出现，或以政协委员身份参加。
2.协商议题不同
就会议协商形式来说，政党协商的议题由中共中央提出，内容是事关国计民生的重大问题，需要作出的重大决策部署。
政协协商议题比较广泛，可由中共党委和政府交办、中共党委召开的秘书长联席会议研究提出、政协与中共党委和政府及有关部门沟通协商提出等，也还可由各组成界别提出。
3.协商方式不同
政党协商主要有三种方式：会议协商、约谈协商和书面协商。
政协协商形式有政协全体会议、专题议政性常务委员会会议、专题协商会、双周协商座谈会、对口协商和界别协商、提案办理协商等，另外在视察、考察、专题调研等活动中开展协商，通过视察报告、调研报告、提案、建议案等形式开展协商，目前还在探索网络议政、远程协商等新形式。
4.协商特征不同
政党协商具有政党性、高层次性、权威性等特点，是执政党与参政党之间的党际协商，体现了我国多党合作团结、合作、民主的本质特征，展示了执政党同参政党之间和谐的政党关系;协商结果直接进入党和国家决策，体现了推进国家治理体系和治理能力现代化的要求。
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